河長制的主要目的是讓水環境治理的責任落實到人，考核是手段，主要目的還是有效地改善水環境質量。從考核角度，主要考核跨界斷面水質，但如何為“河長們”提供管理和治理信息也十分重要。考核時只依賴傳統水質指標，不能反映污染性質和危害，更缺乏污染排放源的信息，讓河長的管理找不到抓手。

基于水質指紋預警溯源技術和儀器和常規水質監測儀器，融合環境基礎信息及污染源信息，建立流域水污染水紋數據庫和預警溯源監管系統。系統建成后可對河流水體的水污染進行預警和污染源識別，可為河長制實施提供考核依據，為河長提供治理和管理的決策依據。

主要功能包括：

1) 識別河流水體主要污染來源，并形成水質指紋數據庫，強化污染源監管。

2) 建設在線的具有水污染預警和污染來源識別功能的監管系統來強化監管，形成強大的在線監管體系。

3) 識別問題河段，便于河長排查污染責任人，落實污染治理和處罰。

4) 實現“預警-溯源-應對”的自動關聯，提高監管效率。